１９２６年初，冯玉祥将军为对付奉系军阀进兵关内而率领国民军封锁大沽口，不准任何船只驶入。３月１２日，日本军舰掩护两艘奉舰驶入大沽口，炮轰国民军，国民军奋起还击。随后，日本公使联合英、美、法、意、荷、比、西班牙等国公使向当时执政的段祺瑞政府提交“最后通牒”，要求国民军撤去大沽口防御设施，否则，“决采取必要之手段”。同时，各帝国主义在大沽海面集结了２０多艘军舰，对中国政府实行武力威胁。
　　３月１８日上午１０时，北京各界５０００多人在天安门举行“反对八国通牒国民****大会”，会后，由２０００多人组成的请愿团，赴国务院请愿，要求驳回“最后通牒”，驱逐八国公使。下午１点半钟，游行请愿队伍到达铁狮子胡同（今张自忠路），在段祺瑞政府国务院大门前的空场上，群众高呼“打倒帝国主义”，“驱逐八国公使”等口号，并派代表进入国务院交涉。这时，号称人民的“国民政府”，竟然向手无寸铁的和平请愿的爱国学生，施以蓄意的实弹射击，在这场血腥的大屠杀中，有４７人被打死，近２００人受伤，死者中有北京女子师范大学的女生刘和珍、杨德群和燕大的女生魏士毅等在这场运动中壮烈牺牲。在死难烈士中，有７个是中学生，最小的一个年仅１２岁。这就是历史上著名的“三·一八惨案”。鲁迅称这一天是“民国以来最黑暗的一天”。 　　
　　　　 “三·一八”惨案发生后，中国知识分子和媒体表现出前所未有的社会良知， 周作人、林语堂、朱自清、蒋梦麟、王世杰、闻一多、梁启超（刚刚动过手术，正在住院）、杨振声、凌叔华等著名知识分子纷纷谴责段祺瑞政府；刘半农作词、赵元任谱曲的哀歌唱遍京城；鲁迅更是激愤不已，为此而中断正常创作，就此惨案连续写了七篇檄文，名垂青史的悼文《纪念刘和珍君》就是其中之一。 当时，诸多媒体加入谴责屠杀暴行的行列，如《语丝》《国民新报》《世界日报》《清华周刊》《晨报》《现代评论》等。《现代评论》出版的第68期可以算是“三·一八专号”，除了几则时事短评和一篇文章外，从“编者的话”到论文、小说、来信几乎都与“三·一八”直接有关，开篇即是《悼三月十八日的牺牲者》，标题配有醒目的黑框：“三月十八日国务院门前的大流血，不只是民众运动的大劫，并且是人道的大劫……然而忍心害理的政府，勾结着这一个或那一个军阀，至今还安然的在那儿狞目而视，无丝毫悔过之心！我们伤痛；我们在这里，谨对于死者伤者，以及死者伤者之父母，夫妇，儿女，献我们无限的哀思。我们愤慨；但是我们相信，杀人者终有服法之一日；我们恐惧；但是我们相信，凡从事民众运动的人，将因君等之牺牲，得着些铭心刻骨的教训。……” 邵飘萍主持的《京报》，大篇幅地连续地发表消息和评论，广泛而深入地报道“三·一八”惨案真相，在惨案发生后的１２天内，就连续发表了１１３篇有关“三·一八”惨案的消息、评论、通电，《京报·副刊》也发表了有关文章１０３篇。
　　惨案发生后，北京各高校和大学校长、教授也纷纷谴责段祺瑞政府。时任北大校长的傅斯年在昆明见到对惨案负有直接责任的鹿钟麟，傅斯年第一句话就是：“从前我们是朋友，可是现在我们是仇敌。学生就像我的孩子，你杀害了他们，我还能沉默吗？” １９２６年３月２３日，北京各界人士、各社会团体、各学校齐聚北京大学大操场，为亡灵举行万人公祭大会。时任北大代校长的蒋梦麟在会上沉痛地说：“我任校长，使人家子弟，社会国家之人才，同学之朋友，如此牺牲，而又无法避免与挽救，此心诚不知如何悲痛。”他说到这里，竟潸然泪下，引得“全场学生相向而泣，门外皆闻哭声”。
　　在强大的民意压力下，迫使国会和司法破天荒地召集非常会议，通过了屠杀首犯“应听候国民处分”的决议；京师地方检察厅对惨案进行了调查取证并发表正式认定：“此次集会请愿宗旨尚属正当，又无不正当侵害之行为，而卫队官兵遽行枪毙死伤多人，实有触犯刑律第三百十一条之重大嫌疑。”最后，执政府的国务院总辞职，执政段祺瑞颁布“抚恤令”。 尽管如此，也没有最终保住民心尽失的军阀政权。在屠杀发生后不到一个月，段祺瑞政府就在遍布全国上下的抗议声中于１９２６年４月倒台。
　　应该提及的是，尽管北洋政府是军阀政权，段祺瑞本人也是著名军阀，其执政时期的专制和乱象颇受诟病，然而，执政段祺瑞在知道政府卫队打死徒手请愿的学生之后，顿足长叹:“一世清名,毁于一旦!”随即赶到现场，面对死者长跪不起，并即刻命令严惩凶手,之后他又宣布自己决定终身食素，以示对这场杀戮的忏悔。惨案发生后的十年中，段祺瑞都不吃荤腥,至死不改。1936年他的身体十分虚弱，病痛不已，医生建议他开荤，以增强体质，他则以“人可死,荤绝不能开”回答，食素如故，最后不治而死。段祺瑞的这一行为，可以说他做人的底线，或者说人性的良知，并未泯灭。